Žemaitijos nacionaliniame parke gyvena beveik visos Lietuvoje įprastos varliagyvių ir roplių rūšys, atitinkamai – 9 ir 6. Iš jų Europos Bendrijos svarbos saugomoms rūšims priklauso penkios varliagyvių ir dvi roplių rūšys. Iš retesnių, įrašytų į Lietuvos raudonąją knygą, žinomos trys rūšys: nendrinė rupūžė, skiauterėtasis tritonas, balinis vėžlys. Vienintelė atrasta žinoma nendrinės rupūžės buveinė yra buvusiame žvyro karjere Gardų oze. Tuo tarpu tikimybė pamatyti uodeguotąjį varliagyvį – skiauterėtąjį tritoną – didesnė, nors jis ir nėra toks dažnas kaip paprastasis tritonas. Pavasarį išneršę nedideliuose vandens telkinukuose, vasarą tritonai persikelia į sausumos buveines, kur galima atsitiktinai aptikti pasislėpusius po akmenimis, malkomis, rąstais ir kitur. Lietuvos roplių faunos retenybė – balinis vėžlys paskutinį kartą buvo aptiktas 1994 m. prie Pakastuvos tvenkinio.
Pievinė, smailiasnukė, mažoji ir didžioji kūdrinė varlės, paprastoji rupūžė – vieni dažniausių varliagyvių nacionaliniame parke. Drėgnesniuose biotopuose paplitęs gyvavedis driežas. Dėl slapukiško gyvenimo būdo rečiau pastebimi bekojai ropliai: trapusis gluodenas, geltonskruostis žaltys ir nuodinga gyvatė paprastoji angis.
